La colline de Vétraz : c’est à partir de 1818 que la commune aux 3 clochers devient Vétraz-Monthoux.

Au sommet de la colline se trouve un parc, en partie entouré d’un mur, dernier vestige d’une place forte construite par Aymon de Faucigny peu avant 1243.

Cette colline est une position stratégique qui contrôle l’accès de Genève au Faucigny. Sire Aymon, Seigneur connu par son ambition et malgré son peu de respect du patrimoine de l’église, se donne grande peine pour fortifier le site et fonde une ville neuve probablement dotée de franchises. Il crée une chapelle avec un curé régulier ce qui ne satisfait, ni le curé de
Vétraz privé d’une partie de ses fidèles, ni l’Evêque de Genève qui voit d’un mauvais oeil cette implantation si près de sa propre ville épiscopale. C’est le Pape Innocent IV, lui-même, qui lui donne le droit d’entretenir un curé et de bénir un cimetière, ce Seigneur ayant sans doute « le bras long » ! Monthoux joue alors un rôle de premier plan pendant les guerres féodales.

Le château est maintes fois détruit et reconstruit. Au fil du temps, cette place forte perd de son importance stratégique et périclite. Après un dernier siège des Genevois en mars 1590, le château est définitivement démoli. La paroisse Notre-Dame de Monthoux existe déjà en 1465, à cette date Jacques Jacopin fait une donation foncière à l’église qui est construite sur une partie des fortifications du château. Le territoire de cette paroisse comprend les villages de Haut et Bas Monthoux, Rosses et Cabouet. Durant la révolution savoyarde de 1792, l’église est saccagée, le clocher détruit. (Par la suite, elle est aménagée en maison d’habitation).

A la suite du Concordat entre Bonaparte et Pie VII en 1801, de nombreuses paroisses sont supprimées, c’est le cas de la paroisse de Monthoux. Les villages de Haut et Bas Monthoux rejoignent Vétraz. Rosses se rattache à Cranves-Sales et Cabouet à St-Cergues. Tous ces rattachements ne se font pas sans mal. Cranves-Sales ne veut pas de Rosses et encore moins de ses morts. Pendant encore de nombreuses années, les habitants de Rosses enterrent leurs morts au cimetière de Monthoux, empruntant un chemin qui part sous Rosses, à l’orée du bois et qui débouche en face de l’école de Bas-Monthoux: c’est le chemin des Morts. Il a été en partie coupé par la piste du terrain d’aviation.
Il y a aussi du « cafouillage » pour Bas-Monthoux et Haut-Monthoux qui se rattachent officiellement à Vétraz en 1803. La paroisse existe réellement en 1813 et c’est seulement à partir de 1818 que la commune devient Vétraz-Monthoux.

En 1843, la baronne Françoise Augustine, Elise Guillet de Fougny de Monthoux, veuve du comte Alexis Foncet de Montailleur, héritière de l’ancien château de Monthoux, veut perpétuer le souvenir de ses ancêtres et du château qui, par sa situation, a joué un certain rôle dans notre histoire savoyarde. Elle rachète une partie du domaine de ses ancêtres au Sieur Béguin. Elle fait raser les ruines et construit une vaste demeure avec dépendances, ainsi qu’une chapelle à l’emplacement du donjon. Sous cette chapelle est aménagée une crypte afin d’y déposer les dépouilles de sa mère, de son père et de son époux enterré préalablement à Genève. Lorsqu’elle meurt en 1875, à l’âge de 64 ans, selon sa volonté, son corps est déposé auprès des siens. Sans héritier direct, elle laisse par testament la jouissance de la propriété de Monthoux à Mgr Mermillod, son confesseur, ami de longue date. Ce dernier, devenu Cardinal, effectue de fréquents séjours à Haut-Monthoux. Il meurt en 1892 à Rome.

En dernier lieu, ces biens sont transmis aux neveux qui, pour respecter les dernières volontés de leur tante, vendent en 1893 la chapelle, la maison, les dépendances ainsi que le jardin à la Bourse des Pauvres Clercs du diocèse d’Annecy. Pendant plus d’un demi-siècle, le « château  » de Monthoux est le modeste Castel Gondolfo des Evêques du diocèse d’Annecy.
Au village, on se souvient du plus célèbre d’entre eux, Mgr Florent du Bois de la Villerabel, évêque du diocèse d’Annecy de 1921 à 1940. Lorsqu’il célèbre la messe à Haut-Monthoux, sa présence est signalée par une envolée de cloches…ce n’est pas tous les jours que l’on peut assister à une messe célébrée par un évêque !

En 1945, le diocèse interrompt la tradition des vacances. Il confie les lieux à une maison familiale pour jeunes filles qui viennent apprendre à coudre, à tricoter, à effectuer des travaux ménagers. Cette école est transférée à Bonne sur Menoge en 1970.

En 1975, le site est racheté par la commune. En 1989, la municipalité décide de mettre en valeur cette acquisition. Cependant, la maison et ses dépendances construites avec la pierre du pays, la molasse, résistent mal au temps et à la pollution. La rénovation se révélant trop onéreuse, il est décidé de la raser et de reporter l’effort sur la rénovation de la chapelle. Par la suite, le parc a été aménagé et ouvert au public.